Pater Lankester Merrin glaubt, dass er das Gesicht des Bösen gesehen hat. In den Jahren nach dem Zweiten Weltkrieg wird Merrin (STELLAN SKARSGÅRD) immer wieder von schrecklichen Erinnerungen gequält: Er kann die unaussprechlichen Grausamkeiten nicht vergessen, die seine unschuldigen Gemeindemitglieder erleiden mussten.
Angesichts dieser Erlebnisse hat er seinen Glauben an die Menschen und auch an den Allmächtigen verloren. Wenn er ehrlich ist, kann er sich nicht mehr als Mann Gottes bezeichnen.

Merrin hat seine Heimat Holland fluchtartig verlassen - er will dem Grauen entkommen, das er dort erlebt hat. Als er ziellos durch Kairo streift, schlägt ihm ein Antiquitätensammler vor, an den Ausgrabungen britischer Archäologen in der unzugänglichen Turkana-Region Kenias teilzunehmen.
Die Forscher haben dort eine christlich-byzantinische Kirche entdeckt: Sie sieht aus, als sei sie nie benutzt und stattdessen am Tag ihrer Fertigstellung von einem Erdhügel bedeckt worden. Merrin hat in Oxford Archäologie studiert - deswegen möchte der Sammler, dass der Pater in der Kirche eine dort versteckte altertümliche Reliquie aufspürt, bevor die Briten sie finden.

Doch unter der Kirche ruht etwas noch viel Archaischeres. Es wartet nur auf seine Erweckung. Die Dorfbewohner werden vom Wahnsinn befallen, britische Soldaten rücken an, um den Ausgrabungsort zu bewachen.
Hilflos muss Merrin zusehen, wie sich die Kriegsgräuel in dem schuldlosen Dorf wiederholen - dabei hatte er inständig gebetet, derartige Gräuel nie wieder erleben zu müssen. Das Blut der Unschuldigen tränkt die ostafrikanische Erde. Doch das Grauen hat damit erst begonnen. Am Geburtsort des Bösen wird Merrin ihm endlich ins Gesicht sehen.