Jak II endet damit, dass Core von Jak besiegt und die Invasion der Metallköpfe zerschlagen wird. Und genau daran knüpft Jak 3 an. Core ist erledigt, nicht aber die Metallköpfe. Im politisch zerrütteten Haven City bilden sich drei Gruppen: die Metallköpfe, die Freiheitsliga (von der Widerstandsbewegung gebildete neue Regierung) und eine neue Macht, die die Roboter aus dem Industriegebiet beherrscht. Diese drei Gruppen bekämpfen sich innerhalb der Stadt. Bei einem Angriff wird nicht nur der gesamte Palast zerstört, sondern auch etliche Häuserblöcke, wodurch sich das Stadtbild von Haven City nachhaltig verändert hat. Man beschuldigt Jak. Ein religiöser Fanatiker namens Count Viger hat die Herrschaft über die Stadt an sich gerissen. Und nach seiner Ansicht zählt nur helles Eco. Jak hat aber dunkles Eco in sich, und deshalb bekommt Viger den Eindruck, dass Jak aufgrund seiner Verbindung mit den Metallköpfen für die Zerstörung der Stadt verantwortlich ist...