Marathon Manager bietet dem Spieler die Möglichkeit in das Leben eines Marathon Athleten einzutauchen. Ihm stehen zwei Spielmodi zur Auswahl: Arcade Modus und Karriere Modus. Im Arcade Modus stellt sich der Spieler in voreingestellten Athleten dem Wettkampf und steigt sofort in das Wettkampfgeschehen ein. Im Karriere-Modus dagegen erstellt der Spieler seinen eigenen Charakter, den er aufbauen und managen muss, um über eine geschickte Trainings- und Wettkampfplanung sportlichen und finanziellen Erfolg zu erzielen.