Auf dem von endlosen Kriegen gezeichneten Planeten Nu Earth ranken sich Legenden um einen einsamen Krieger. Er ist der ultimative Soldat, der einzige Überlebende des Quartz Zone-Massakers... ein Mann auf einem blutigen Rachefeldzug. Er ist der Rogue Trooper!

Rogue Trooper kombiniert spektakuläre Action mit Stealth-Elementen. Für seinen Rachefeldzug stehen Rogue ultramoderne experimentelle Waffen zur Verfügung. Sein größter Vorteil sind jedoch drei codierte Biochips. Diese enthalten die digitalisierten Fähigkeiten seiner gefallenen Kameraden und werden in seine Waffe, seinen Helm und seinen Rucksack eingesetzt. Der Spieler verfügt so über ein grosses Arsenal unterschiedlicher Waffen und Kampftechniken.