StarCalibur ist eine actionreiche Weltraumsimulation, deren Handlung im 23. Jahrhundert stattfindet - inmitten eines intergalaktischen Konflikts, der von einer fremden Rasse wegen eines simplen Missverständnisses entfacht wurde.

2289 werden auf einem erdenähnlichen, mit Wasser bedecktem Planeten Spuren fremden Lebens gefunden. Auf einer der wenigen Inseln entdecken Wissenschaftler einige seltsame Sphäroide, die wie riesige Fische aussehen. Von einem heftigen Sturm bedroht, verladen die Wissenschaftler die Objekte für eine spätere Untersuchung auf ihr Schiff. Danach bricht der Kontakt zu ihnen ab. Die Erde erreichen sie nie...

Einige Jahre später tritt das Goldene Zeitalter der Weltraumkolonisierung ein. Hunderte von Planeten werden besiedelt und zum Jahr 2368 herrschen überall Frieden und Wohlstand.

2370 dringen besorgniserregende Nachrichten von abgelegenen Kolonien zur Erde. Rettungsteams berichten über komplette Auslöschung ganzer Planeten. Die Überfälle häufen sich, mehrere Handelskaravanen und Konvois verschwinden ohne einen Notruf abzugeben.

Mit dem Beginn des Spiels wird die Situation immer düsterer. Menschen müssen ihre Territorien aufgeben und vor den vorrückenden Angreiferhorden fliehen. Die Aliens scheinen zu gewinnen, während ihre wahren Motive und Absichten immer noch ein Geheimnis bleiben.

Der Spieler übernimmt die Rolle eines jungen Jägerpiloten, der seine Ausbildung in einer ruhigen Ecke der Galaxie beenden muss. Doch bald wird dieser Sektor zum Epizentrum von Ereignissen, die über das Schicksal der Menschheit entscheiden werden.